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近年来，随着经济的快速发展，环境保护越来越受到各级政府部门的高度重视，先后制定了许多有关环保方面的税收优惠政策，以引导和鼓励该产业的健康发展。污水处理企业作为环境保护行业的重要组成部分，在为社会提供服务的同时，也享受着国家赋予环保企业的各项扶持政策。现将污水处理费收入在纳税环节的税收优惠政策介绍如下：
（一）增值税
财税〔2001〕97号《财政部、国家税务总局关于污水处理费有关增值税政策的通知》 规定：根据《国务院关于加强城市供水节水和水污染防治工作的通知》(国发〔2000〕36号)的规定，对各级政府及主管部门委托自来水厂(公司)随水费收取的污水处理费，免征增值税。本通知自2001年7月1日起执行，此前对上述污水处理费未征税的一律不再补征。
财税〔2008〕156号（已失效）《关于资源综合利用及其他产品增值税政策的通知》文件第二条规定，对污水处理劳务免征增值税。污水处理是指将污水加工处理后符合gB18918—2002有关规定的水质标准的业务。 在享受免征增值税同时，随增值税征收的城建税、教育费附加费、地方教育附加费也予以减免。
2015年6月，国家税务总局对污水处理行业的税收政策进行了调整， 财税〔2015〕78号文件附件《资源综合利用产品和劳务增值税优惠目录》5.2中规定，污水经加工处理后符合《城镇污水处理厂污染物排放标准》（GB18918—2002）规定的技术要求或达到相应的国家或地方水污染物排放标准中的直接排放限值。上述污水处理劳务按照退税比例70%享受本通知规定的增值税即征即退政策。 取消了一直以来污水处理费免征增值税的优惠政策，从2015年7月1日开始，污水处理费先行全额征收增值税，后即征即退70%，企业实际向国家承担了30%的增值税额及全额随征附加税费。将污水处理劳务增值税优惠由免税改为即征即退，原来免税优惠享受优惠比例为100%，享受优惠程度比原来免税政策低。
（二）企业所得税
1．企业所得税三免三减半
《企业所得税法》第二十七条第三项及其实施条例第八十八条规定，符合条件的环境保护、节能节水项目，包括公共污水处理、公共垃圾处理、沼气综合开发利用、节能减排技术改造、海水淡化等。企业从事前款规定的符合条件的环境保护、节能节水项目的所得，自项目取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，第一年至第三年免征企业所得税，第四年至第六年减半征收企业所得税。
《财政部、国家税务总局、国家发展改革委关于环境保护节能节水项目企业所得税优惠目录（试行）》（财税〔2009〕166号）规定，城镇污水处理项目应具备以下条件：1.根据全国城镇污水处理设施建设规划等全国性规划设立。2.专门从事城镇污水的收集、贮存、运输、处置以及污泥处置（含符合国家产业政策和准入条件的水泥窑协同处置）。3.根据国家规定获得污水处理特许经营权，或符合环境保护行政主管部门规定的生活污水类污染治理设施运营资质条件。4.项目设计、施工和运行管理人员具备国家相应职业资格。5.项目按照国家法律法规要求，通过相关验收。6.项目经设区的市或者市级以上环境保护行政主管部门总量核查。7.排放水符合国家及地方规定的水污染物排放标准和重点水污染物排放总量控制指标。8.国务院财政、税务主管部门规定的其他条件。
《国家税务总局关于进一步明确企业所得税过渡期优惠政策执行口径问题的通知》（国税函〔2010〕157号）第三条规定，居民企业取得中华人民共和国企业所得税法实施条例第八十六条、第八十七条、第八十八条和第九十条规定可减半征收企业所得税的所得，是指居民企业应就该部分所得单独核算并依照25%的法定税率减半缴纳企业所得税。再次强调了相关收入要单独核算。如果该厂还有污水处理项目之外的其他收入，则按照减免税管理的有关要求，污水处理项目需单独核算，如果一个企业同时经营多个项目或多种业务的单位，需要不同批次在空间上相互独立、每一批次自身具备取得收入的功能、以每一批次为单位进行会计核算，单独计算所得，管理费用、财务费用、销售费用等期间费用需在各项目或各业务间按收入、职工人数、工资总额等比例合理进行分摊。
2．环保设备投资额抵减企业所得税额
根据《企业所得税法》第三十四条及其实施条例第一百条规定，企业购置并实际使用《环境保护专用设备企业所得税优惠目录》、《节能节水专用设备企业所得税优惠目录》和《安全生产专用设备企业所得税优惠目录》规定的环境保护、节能节水、安全生产等专用设备的，该专用设备的投资额的10%可以从企业当年的应纳税额中抵免；当年不足抵免的，可以在以后5个纳税年度结转抵免。
《财政部、国家税务总局关于执行环境保护专用设备企业所得税优惠目录节能节水专用设备企业所得税优惠目录和安全生产专用设备企业所得税优惠目录有关问题的通知》（财税〔2008〕48号）第一条也规定，企业自2008年1月1日起购置并实际使用列入《目录》范围内的环境保护、节能节水和安全生产专用设备，可以按专用设备投资额的10%抵免当年企业所得税应纳税额；企业当年应纳税额不足抵免的，可以向以后年度结转，但结转期不得超过5个纳税年度。
但第四条规定，企业利用自筹资金和银行贷款购置专用设备的投资额，可以按企业所得税法的规定抵免企业应纳所得税额；企业利用财政拨款购置专用设备的投资额，不得抵免企业应纳所得税额。《环境保护专用设备企业所得税优惠目录（2008年版）》（财税〔2008〕115号）列举了城市公共污水处理可抵免企业所得税额的4种专用设备：膜生物反应器、紫外消毒灯、污泥浓缩脱水一体机、污泥干化机。
在污水处理企业享受企业所得税税收优惠政策时，同时满足专用设备抵减和三免三减半政策的，可以叠加享受税收优惠政策。
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