完善管理制度，建立明确的水利工程责任制。在水利工程管理过程中，要深入研究市场经济规律，结合水利发展特点，完善水权、产权、水利投资等方面的管理，完善相关法律法规。在管理过程中，充分认识水资源的基本自然资源和战略经济资源的现状，把可持续发展理念作为加强水资源管理的基石。在水利工程建设过程中，必须坚持“安全第一，预防为主”的方针。建立明确的水利工程责任制，建立完善的职能机构，明确人员的管理和监督职责，建立科学管理、规范运行的水利管理单位运行机制。行政部门应当严格依照有关法律、法规的规定行使职权。事业部应确保工程质量。行政管理部门和业务部门应当各司其职，明确职责，适应市场经济发展的要求，确保社会效益。
增加对基层水利工程的资金投入。加强水利工程的科学管理，根据工程特点进行分类管理，确保工程效益最大化。地方各级政府应当将农村水利工程维护管理所需资金纳入本级财政预算。作为项目资金，用于农村水利工程的维护、保养和管理，保证农村水利工程的正常运行，形成良性的补偿运行机制。正确协调水利工程经济效益和社会效益的关系，在不影响水利工程正常运行的前提下，降低运行成本。加大对基层水利工程的资金投入。项目责任单位还应记录资金使用情况和项目进展情况，及时向上级报告。建立水利工程养护定额动态管理制度，确保合理的投资水平和定额水平，以法律形式规定水利工程管理部门的职责，明确权利、责任和利益。
强化水利工程安全管理意识，加强水利人才队伍建设。搞好安全管理宣传教育，充分发挥职工的主观能动性，自觉自觉地讲安全，把安全意识贯穿于工作之中。加强水利人才队伍建设，不断鼓励水利工作者自动自发地提高专业素质。引进高素质水利工程技术和管理人才，加强现有人才培养，有计划地选拔优秀专业人才进修，明确技术人员分工，确定主攻方向，使他们能够独立承担深层次工作。在水利工程建设中，加强安全设施的管理，确保施工人员的安全。建立合理的安全管理制度，健全各种现场作业管理制度和责任制。施工现场设质量安全管理员，授予相应的安全管理权限。
